Rothenfluh war 1525 die erste Kirchgemeinde in der Region, die sich der Reformation anschloss. Auch heute (2023) sind noch 50% der EinwohnerInnen reformiert. Trotzdem ist sie mit rund 400 Mitgliedern eine der kleinsten im Kanton Baselland.
Die reformierten Kienberger und Kienbergerinnen des Kantons Solothurn schlossen sich 1951 Rothenfluh an. Seit 2005 bilden sie eine reformierte Kirchgemeinde und haben mit ihren rund 100 Mitgliedern einen Pastorationsvertrag mit Rothenfluh. Regelmässig finden ökumenische Gottesdienste in Kienberg statt.
Eine weitere Zusammenarbeit besteht seit 2019 mit der Kirchgemeinde Oltingen im Bereich des Religions- und Konfirmandenunterrichts.
Der Kirchturm der reformierten Kirche St. Stephan, ein typischer Käsbissenturm, stammt aus dem Jahr 1613 und ist unverändert erhalten geblieben. Der Vorgängerbau stammt nach archäologischen Untersuchungen aus dem 14. Jahrhundert. Die Kirche wurde 1856 nach Plänen von J.J. Stehlin-Burckhardt neu erbaut. 1966/67 wurde sie renoviert.