In der 2015 durch Zusammenschluss entstandenen Kirchgemeinde St.Johann-Münster – eine von vier Kirchgemeinden im Stadtverband Schaffhausen – befinden sich zwei markante, grosse Kirchen im Zentrum der Altstadt: das Münster aus der Epoche der Romanik und der St. Johann (so wie er heute dasteht) aus der Epoche der Gotik.
Diese beiden Kirchen eignen sich für die Schwerpunkte, die die Kirchgemeinde in ihrem Wirken setzt: christliche Spiritualität (vor allem im Münster) sowie Kultur und Musik (vor allem im St. Johann, der auch ein bedeutsamer städtischer Konzertraum ist).
Ein weiterer Schwerpunkt der Kirchgemeinde liegt in der Kinder-, Jugend- und Familienarbeit sowie in sozialdiakonischen Angeboten und Veranstaltungen.
In der rund 3100 Mitglieder zählenden Kirchgemeinde sind drei Pfarrpersonen, zwei sozialdiakonische Mitarbeitende, je eine Person für Jugend und Familie sowie für Katechetik, zwei Personen für den Orgeldienst und zwei Personen für den Mesmerdienst tätig.